지난 101회 대한예수교장로회 총회(합동)에서 폐교하기로 결의됐던 총회 목회대학원이 일단 존속하게 됐다. 오후에 속개된 103차 총회에서 총회신학원이 총회 목회대학원과 총신대 건에 대해 보고했다. 여기서 특히 목회대학원 문제가 논란이 됐다. 총회신학원은 총회신학원 운영이사장이 목회대학원 원장을 겸임하는 것을 핵심으로 하는 청원을 올렸으나, 통과돼지 못했다. 이어서 목회대학원의 존폐에 대한 찬반토론이 이어졌고, 목회대학원을 바로 폐쇄시키는 것은 시기상조라는 공감대가 형성됐다. 결국 목회대학원은 존속시키되 운영 및 조사처리에 관한 위원선정은 임원회에 맡기는 것으로 결론이 났다.